1539’da öldü ve yerine Sinan mimarbaşı oldu.
Birçok yönden özellikler gösteren Gebze’ deki Çoban Mustafa Paşa külliyesi, uzun yıllar Mimar Sinan’ a bağlanmak istenmişse de, külliyenin Acem Alisi tarafından yapıldığı ve daha sonra Mimar Sinan tarafından onarıldığı ortaya çıkmıştır. Yine Mimar Sinan’ a bağlanmak istenen Sultan Selim camii de Acem Alisi’ nin eseridir. Bu son yapıda Acem Alisi, eski geleneklerle yeni gelişmeler arasında bir köprü kurma görevini üzerine almış görünür. Atmeydanı’ndaki İbrahim Paşa sarayı da diğerleri gibi Acem Alisi tarafından bitirilmiş olmasına rağmen, onarım ve eklemeler sebebiyle Mimar Sinan’a bağlanmak istenmiş, birçok belgede de böyle kaydedilmiştir.
Yapıların arazi üzerine uygun bir şekilde oturuşu, kütlelerin birbirleriyle olan nisbetleri ve sadeliği hep bu devredeki tecrübelerle zenginleşmiştir. Halefi olan Koca Mimar Sinan bu geniş ve zengin malzemeyi ve yetişmiş birinci sınıf kadroyu dahiyane bir şekilde değerlendirip kullanmasını bilmiştir.


