Beçin, Menteşeoğulları Beyliği’nin idari başkentidir.Menteşe Bey’ in ölümünden sonra yerine geçen oğlu Mesud Bey zamanında, güneybatı Anadolu sahilleri tamamen fethedilmiş, hatta bu hakimiyet 10 yıl için de olsa, Rodos adasına kadar uzanmıştır. Mesud Bey ve ölümünden sonra (1319) yerine geçen oğlu Orhan Bey zamanında, Beyliğin merkezi Milas kentidir. Menteşe Beyliği bu dönemde, Aydınoğulları, Germiyanoğulları, Hamitdoğulları ve Teke Beyliklerine komşu olmuştur.
1337 yılında tahta geçen İbrahim Bey döneminde beyliğin sınırları, Acıpayam Tavas ve Finike’ye kadar genişlemiştir. İbrahim Bey’in ölümünden sonra (1358) Menteşe Beyliği ikiye bölünmüş, Balat merkezli kuzey kesimi Mehmet Bey’in, Beçin merkezli güney kesimi de Ahmed Gazi’nin yönetiminde kalmıştır. Mehmet Bey ve oğulları Balat, Çine, Turgut ve Muğla yöresini yönetirken Ahmed Gazi de Beçin, Milas, Bozöyük, Eskihisar, Fethiye, Köyceğiz, Datça ve Bodrum yöresini yönetmiştir. Beyliğin her iki kolu da, 1390-91 yıllarında Osmanlı egemenliği altına girmiştir.
Ankara Savaşı’ndan (1402) sonra Beyliğini geri alan İlyas Bey, bir süre Balat’ta daha sonra da Beçin’de saltanatını sürdürmüş ve 1421 yılında Beçin’de vefat etmiştir. 1420 tarihinde, İlyas Bey’in oğulları Leys ve Ahmed Beyler beyliklerini sürdürmek istemişlerse de başaramamışlardır. Beylik, 1426 tarihinde, kesin olarak Osmanlı hakimiyetine girmiştir.
Beçin, Menteşe Beyliği son bulduktan sonra çok hızlı bir şekilde gerilemiş ve XVI. yüzyıl içinde, kentin nüfusu 700-800’e kadar düşmüştür. XVII. yüzyıl başında, Celali İsyanları döneminde ise, kent sakinleri tamamıyla iç kaleye çekilmişlerdir. 1950’li yıllarda, kale içinde oturan son aileler de Beçin’ i terk etmiş ve 500m. kadar kuzeydeki yeni yerleşim yerine göçmüşlerdir.