Beycesultan,1954-1959 yıllarında İngiliz Arkeoloji Enstitüsünün yapmış olduğu kazılarda Geç Kalkolitik, İlk ve Orta Tunç Çağlarına ait mermer, bronz, kemik ve çanak çömlekler ortaya çıkarılmıştır. Kazılarda MÖ.3000 yıllarına kadar inen Arzava Beyliğine ait de kalıntılar da bulunmuştur. Bu kazı çalışmalarına dayanılarak yörenin Geç kalkolitik Çağdan itibaren yerleşime sahne olduğu anlaşılmaktadır. Ayrıca Antik çağlarda burada Eumenia isimli bir kentin varlığından da söz edilmektedir. C.Texier buraya, Pergamon Kralı Eumenes’in kurdurduğu bir kent olarak değinir. Ancak bu kentle ilgili yeterli bilgi ve kalıntı bulunmamaktadır. Yöre sonraki yıllarda Frig, Lydia, Seleukoslar, Pergamon Krallığı ve Romalıların egemenliği altında kalmıştır. Anadolu Selçukluları, Bizanslılar ve Beylikler de buraya hakim olmuştur. Osmanlı döneminde burası önemini kaybetmiştir. XIX.yüzyılın sonlarında küçük bir köy durumunda olup, II.Meşrutiyet döneminde Afyonkarahisar sancağına bağlı bir kaza olmuştur. Cumhuriyetin ilanından sonra 1925 yılında da Denizli iline bağlı ilçe durumuna getirilmiştir.
Çivril ilçesindeki Beycesultan Höyüğü’nde yapılan kazılarda elde edilen buluntular, yöredeki ilk yerleşim yerinin Bakır Çağı’nda (İÖ 5500-3500) kurulduğunu gösterir. İlkçağda Milyas adıyla anılan yöre Hititler’in batı komşusu olan Arzava Krallığı’nın yönetimindeydi. İÖ 12. yüzyılda Lidya egemenliğine giren bu topraklarda yaşayan halk Anadolu’ yu ele geçiren Persler’e karşı uzun süre direndi. Daha sonra Makedonya Krallığı’na bağlanan yöre, Büyük İskender’in ölümünden sonra Selevkoslar’ın yönetimine girdi. Selevkos Kralı II. Antiokhos İÖ 3. yüzyılda karısı Laodike’nin adını vererek Laodikeia kentini kurdurdu. Bölge daha sonra Bergama Krallığı’nın egemenliğine girdi. İÖ 190’da Kral II. Eumenes de burada Hierapolis kentini kurdurdu. Kısa bir süre Rodoslular’a bağlanan yöre, sonraki yüzyıllarda Araplar’ın, Bizanslıların, Haçlılar’ın ve Selçuklular’ın eline geçti. Germiyanoğulları ve İnançoğullan yönetiminden sonra Osmanlı Devleti’nin topraklarına katılan Denizli yöresi, 1402’de Ankara Savaşı’nda Yıldırım Bayezid’i yenen Timur tarafından gene Germiyanoğulları’na verildi. 1429’da Osmanlı topraklarına katılan Denizli, 19. yüzyıl sonlarında Aydın vilayetine bağlı bir sancak olarak yönetiliyordu.